En la ceremonia inaugural del edifcio principal, el arzobispo de Cuenca monseñor Manuel de Jesús Serrano Abad, bendijo el estandarte, que es un símbolo de forma triangular con la cruz de Santiago, patrono de la ciudad y del claustro, que expresa lo que la universidad espera de sus miembros: fe firme e incontaminada, fidelidad a las tradiciones que ella exige, gratitud de conciencia frente a cualquier circunstancia de la vida. El emblema preside los actos oficiales que se celebran en la universidad.

La bandera bicolor, con fajas verticales blanco y amarillo, fue aprobada) oficialmente como sím- bolo institucional por el Consejo Universitario del 13 de junio de 1977. Flamea desde entonces en el campus en días recordatorios, y cada lunes junto a las del Ecuador y de Guayaquil, que se encuentran en el obelisco decorativo.

Se desconoce exactamente el origen del lema Ciencia y Fe, pero los docentes y alumnos fundadores dan testimonio de que el doctor Ortega Moreira siempre se inspiró en él para cumplir las acciones inherentes al cargo y destacó sus fundamentos en un artículo que redactó con el título "La Universidad Católica de Santiago de Guayaquil", en el que sostuvo básicamente que la ciencia no se propone lo utópico y que la fe debe ser defendida por quienes la sienten.

También se cuenta con una viñeta distintiva entresacada de la cruz de Santiago, que ha tenido su evolución e identifica a la entidad educativa. Nació en 1962, en forma triangular, como consta en el estandarte. En 1970 fue cambiada con una circular, rodeada del nombre oficial del claustro, hasta que en 1990 se adoptó la que se utiliza en la actualidad.

Con motivo del XL aniversario de fundación, se convocó a un concurso para seleccionar la letra y la música del himno institucional.